طرح مدیریت پارک های ملی دربرگیرنده برنامه ها و راهکارهایی است که نحوه اداره پارک را در قالب حفاظت و بهره برداری مدنظر قرار می دهد. تحقق اهداف پارکداری در درازمدت مستلزم انجام فرآیند زون بندی و تدوین برنامه های مشخص هر زون می باشد. پارک ملی کویر با مساحتی معادل 419613 هکتار در 50 کیلومتری جنوب شرقی شهر تهران واقع شده است و به عنوان نمونه بارزی از اکوسیستم های خشک و بیابانی زیستگاه گونه های با ارزشی همچون یوزپلنگ، گورخر، جبیر، هوبره و ... است. در این مطالعه شناسایی منابع اکولوژیکی و اقتصادی - اجتماعی به عنوان گام نخست فرآیند منجر به تهیه نقشه های منابع پایه (مقیاس 1:50000) شد. فرآیند نقشه سازی با استفاده از داده های منابع اکولوژیکی پایدار، مبتنی بر روش تجزیه و تحلیل سیستمی منجر به شناسایی 863 یگان زیست محیطی شد و با استفاده از مدل های اکولوژیکی ویژه پارکداری، توان یگان ها برای زون های هفت گانه ارزیابی شد. سپس اولویت بندی و ساماندهی زون ها بر اساس اهداف مدیریت پارک های ملی انجام شد و در پایان نقشه زون بندی به مثابه موزاییکی از واحدهای همگن برنامه ریزی و مدیریت به دست آمد و با تدوین برنامه های کوتاه مدت، نحوه اجرای فعالیت زون ها و روند مدیریت پارک ملی کویر در جهت کاهش تضاد بین بهره برداری و حفاظت در درازمدت مشخص شد. نتیجه مطالعه حاکی از آن است که زون اندوختگاه بازداشته (امن) 15.95 درصد از پارک ملی کویر را پوشش می دهد و زون های حفاظتی 33.63 درصد، تفرج متمرکز 7.82 درصد، بازسازی 1.27 درصد، استفاده ویژه 2.47 درصد و تاریخی فرهنگی 3.01 درصد از سطح پارک را به خود اختصاص داده اند.